در پی انتشار گزارش‌های هشداردهنده‌ای که استقلال و بی‌طرفی ویکی‌پدیای فارسی را مورد پرسش قرار داده است، بنیاد ویکی‌مدیا (میزبان ویکی‌پدیا) تحقیقاتی را آغاز کرده است.
یکی از بازرسان ویکی‌پدیا در توئیتی تایید کرده که این تحقیقات نشست تیم ویکی‌پدیای فارسی و وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در سال ۱۳۹۷ را دربرمی‌گیرد. با این وجود روشن نیست که آیا این تحقیقات به همه نگرانی‌ها درباره نحوه ویرایش و مدیریت مطالب توسط ویراستاران ویکی‌پدیای فارسی می‌پردازد یا خیر.
در نشست گردانندگان ویکی‌پدیای فارسی در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در سال ۱۳۹۷، یکی از موضوعات مورد بحث چگونگی حفاظت از صفحه‌های شخصی افراد سرشناس از جمله مقامات جمهوری اسلامی بود. در این جلسه حمید ضیائی‌پرور، مدیر کل وقت «مرکز مطالعات و برنامه‌ریزی رسانه‌ها» افزودن یا حذف اطلاعات در صفحات ویکی‌پدیای فارسی مقامات جمهوری اسلامی را «حملات و کارزارهای» هماهنگ شده توسط خراب‌کاران خواند. حفاظت از صفحات شخصی مقامات جمهوری اسلامی در ویکی‌پدیای فارسی از طریق قفل کردن و ممانعت از حذف یا اضافه کردن هرگونه اطلاعات به این صفحات توسط مدیران ویکی‌پدیای فارسی فراهم شده است.
در نشست گردانندگان ویکی‌پدیای فارسی در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، تاکتیک حفاظت از صفحات شخصی مقامات جمهوری اسلامی با استفاده از عبارت «حفاظت از حریم شخصی افراد» توجیه شد. یکی از ویراستاران ویکی‌پدیای فارسی در همین جلسه گفت: «در ایران، دیده‌ایم که شخصی هنوز به‌طور رسمی در دادگاه و بر پایه شواهد محکوم نشده و یعنی تنها مظنون به ارتکاب یک جرم است، اما تا وقتی که بتواند بی‌گناهی‌اش را ثابت کند، پیشاپیش در صدها وب‌سایت مختلف ایرانی تحقیر و بی‌آبرو شده است. اما در ویکی‌پدیا، این‌گونه نیست، ما اجازه انتشار چنین اخباری را نمی‌دهیم… مگر وقتی که صدها مقاله از سوی رسانه‌های دولتی منتشر شده و آن را تایید کرده باشند.»
سخنان فوق نمونه‌ای از تقویت نظام‌مند مصونیت در کشوری است که سازمان عفو بین‌الملل، رئیس قوه قضائیه‌اش را برای ارتکاب جنایت علیه بشریت مسئول می‌داند. ۹۰ تن از مقامات جمهوری اسلامی از جمله علیرضا آوایی، وزیر فعلی دادگستری به دلیل نقض حقوق بشر در فهرست مجازات‌های بین‌المللی قرار گرفته‌اند. همان‌گونه که گزارشگر ویژه حقوق بشر در ایران تایید کرده، «فقدان تحقیقات دولت» درباره ادعاهای نقض حقوق بشر منجر به «مصونیت قضایی گسترده» در ایران شده است.
به عنوان یک سازمان حقوق بشری، عدالت برای ایران همواره در ارتقای سطح آگاهی عمومی برای پاسخگو کردن افرادی که در نقض جدی حقوق بشر مسئول بوده‌اند، کوشیده است. در همین راستا این سازمان موارد سانسور و مداخله‌های جانبدارانه توسط گردانندگان ویکی‌پدیای فارسی و کاربران خاص دیگر را رصد و مستند کرده است. این نمونه‌ها مواردی همچون حذف اطلاعات افزوده شده به صفحات ویکی‌پدیای مقامات جمهوری اسلامی که شامل داده‌های تاییده شده و عمومی در ارتباط با موارد نقض حقوق بشر و بی‌عملی نسبت به اطلاعاتی که خشونت دولتی را عادی سازی و تبلیغات حکومتی را ترویج می‌کند، بوده است.
یکی از بی‌شمار نمونه‌های حذف اطلاعات درباره ناقضان حقوق بشر، صفحه فارسی محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام و فرمانده پیشین سپاه پاسداران در ویکی‌پدیا است. در هشتم تیر ۱۳۹۴(۲۹ ژوئن ۲۰۱۵) بخش تازه‌ای با عنوان موارد نقض حقوق بشر به صفحه او افزوده شد. در میان موارد زیادی از نقض حقوق بشر مانند بازداشت خودسرانه، شکنجه و اعدام زندانیان سیاسی، در این بخش به نقش محسن رضایی در بمب‌گذاری سال ۱۹۹۴ در مرکز یهودیان در آرژانتین نیز اشاره شده بود؛ که به همین دلیل در سال ۲۰۰۷ نام وی به فهرست افراد تحت تعقیب اینترپل افزوده شد. چند ساعت بعد از اضافه شدن این اطلاعات، همه این بخش توسط یکی از ویرایش‌گران ویکی‌پدیای فارسی بدون ارائه هیچ توضیحی حذف شد. موضوعی که باعث می‌شود طرح این مثال بسیار روشنگر باشد این است که اطلاعات آشکارا غلطی که در سال ۲۰۱۳ به صفحه محسن رضایی اضافه شده و مدعی است که نام او از فهرست افراد تحت تعقیب اینترپل بیرون آمده، تا به امروز در صفحه او باقی مانده است.
عدالت برای ایران از اینکه ویکی‌پدیا، این بستر مهم اطلاعات، به جای حمایت از قوانین حقوق بشری مبتنی بر تضمین آزادی بیان و دسترسی به اطلاعات از ناقضان حقوق بشر محافظت می‌کند، عمیقا متاسف است. محدودیت‌ها، حذف‌ها و تغییر واقعیات و به دنبال آن، افزودن اطلاعات غلط، بازی به نفع جمهوری اسلامی و ترویج روایت رسمی این حکومت است.
از سوی دیگر این موضوع فقط منحصر به ایران نیست. طبق آنچه روزنامه‌نگاران روسی به تازگی گزارش کرده اند، ابزار و سیاست تنظیم مقررات در دانش‌نامه آنلاین، گردانندگان ویکی‌پدیای روسی را قادر ساخته تا تبلیغات حکومتی را ترویج کنند، مخالفان سیاسی را مورد حمله قرار دهند و از دیگر ناقضان حقوق بشر حفاظت و برای آنها مصونیت ایجاد کنند.
عدالت برای ایران مسئولیت ویکی‌پدیا و بنیاد ویکی‌مدیا را در قبال احترام به حقوق بشر، به ویژه آزادی بیان و دسترسی به اطلاعات به‌عنوان دو حق اساسی بشر که در قوانین بین‌المللی به رسمیت شناخته شده است، یادآوری می‌کند. در همین راستا، نحوه مدیریت ویکی‌پدیا فارسی، مغایر با تعهد جیمی ویلز، بنیان‌گذار ویکی‌پدیا است که در گفتگویی تصریح کرده بود: «ویکی‌پدیا با سانسور در سراسر جهان مخالف است. ما قوانین کاملاً محکمی داریم که هرگز نقض نشده، مبنی براینکه هرگز با سانسور دولتی در هیچ منطقه‌ای از جهان همکاری نکنیم. این عقیده من است که دسترسی به اطلاعات – به ویژه دسترسی به اطلاعات دانش‌نامه ای حقیقت محور از نوعی که توسط ویکی‌پدیا ارائه می‌شود، یک حق اساسی بشر است و نتیجه‌ی منطقی حق آزادی بیان.»
عدالت برای ایران خواستار آن است که ویکی‌پدیا و بنیاد ویکی‌مدیا برای اطمینان از اینکه دولت‌های مستبد مانند جمهوری اسلامی از ویکی‌پدیا به‌عنوان ابزاری برای سانسور، سرکوب و مصونیت استفاده نکنند، اقداماتی جدی انجام دهند. ما از بنیاد ویکی‌مدیا می‌خواهیم برای تحقیق درباره ویکی‌پدیا فارسی و اطمینان از اینکه هر کاربر قادر است تا اطلاعات واقعی و تایید شده را ارائه کند، فراخوانی عمومی بدهد. دامنه چنین تحقیقاتی باید فراتر از نشست تیم ویکی‌پدیا فارسی در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در سال ۲۰۱۸ باشد و با در نظر گرفتن همه شکایات و نگرانی‌ها، در یک روند شفاف به مشکلات اساسی بپردازد.
علاوه بر این، عدالت برای ایران از سازمان‌های حقوق بشری دعوت می‌کند تا با ارائه توصیه‌هایی به بنیاد ویکی‌مدیا در ارتباط با طریقه تضمین آزادی بیان و دسترسی به اطلاعات به این روند کمک کنند. نه فقط در ایران بلکه در همه کشورهایی که در آنها افراد در فضایی که به شدت محدود و تحت نظر است، فعالیت می‌کنند.
اگر ویکی‌پدیا برای رفع این مشکلات گام‌هایی جدی و به موقع بر ندارد، خود را در معرض خطر همدستی در سانسور، نقض حقوق بشر و فراهم آوردن مصونیت از مجازات برای ناقضان حقوق بشر قرار خواهد داد .
عدالت برای ایران به ویکی‌پدیا توصیه می‌کند تا قوانین خود را با هدف توانمندسازی شهروندان در استفاده از آزادی بیان و دسترسی به اطلاعات مورد بازبینی قرار دهد و تقویت تبلیغات دولتی و فرهنگ مصونیت از مجازات را متوقف کند. برای رسیدن به این هدف، عدالت برای ایران از ویکی‌پدیا می‌خواهد تا شفافیت بیشتری را در قوانین و سیاست‌هایش اتخاذ کند و رویه ای بی‌طرفانه را برای پایان دادن به عملکرد کنونی که خطر ربایش و دست‌کاری اطلاعات توسط دولت‌های مستبد را ایجاد کرده است، در پیش گیرد. یکی از این اقدامات تشکیل تیم‌های نظارت بی‌طرف است که از شرایط پُرخطر فعالیت در ایران آگاهی دارند و برای شناسایی، مداخله و جلوگیری از سانسور دولتی در دسترس هستند. افزون بر این تیم نظارت باید رسانه‌های دولت‌های مستبد را به عنوان تنها منبع معتبر مرجع برای مقالات رد کند.